16 đội bóng được chia làm 2 bảng, bảng A thi đấu tại Hà Nội và Hưng Yên, gồm: Trẻ Nam Định, Trẻ Thanh Hóa, Trẻ Công an Hà Nội, Quảng Ninh FC, Trẻ PVF-CAND, Zantino Vĩnh Phúc, Hoài Đức FC, Trung tâm bóng đá Đào Hà. Bảng B thi đấu tại Bà Rịa - Vũng Tàu gồm các đội: Cần Thơ, Học viện LPBank HAGL, Gia Định, Phú Yên, Tây Ninh, Trẻ Đồng Nai, Trẻ Khánh Hòa và Trẻ TPHCM.

Các đội thi đấu vòng tròn một lượt tập trung, tính điểm xếp hạng, chọn ra 2 đội nhất bảng, 2 đội nhì bảng và 1 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất dự giải Hạng Nhì quốc gia 2025. Hai đội có thứ hạng cao nhất ở mỗi bảng sẽ đồng xếp thứ nhất của giải.

T.N