Theo tài liệu của cơ quan điều tra, Công ty TNHH XD&TM Thiên Triều (viết tắt: Cty Thiên Triều) được thành lập theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 3002134075, do Sở KH&ĐT tỉnh Hà Tĩnh cấp ngày ngày 08/4/2019. Giám đốc, kiêm người đại diện theo pháp luật của Công ty là ông Phùng Xuân Phong, còn Võ Thị Thu Hà (1984) làm kế toán trưởng.

Dù được cấp phép kinh doanh vật liệu xây dựng và vận tải hàng hóa bằng đường bộ, tuy nhiên Cty Thiên Triều lại không có hoạt động tại trụ sở như đã đăng ký kinh doanh, không có kho hàng, bến bãi để tập kết hàng hóa phục vụ hoạt động kinh doanh. Phùng Xuân Phong là người trực tiếp chỉ đạo điều hành mọi hoạt động kinh doanh của Công ty; Võ Thị Thu Hà là kế toán trưởng trực tiếp thực hiện các công việc như kê khai thuế, xuất nhập hóa đơn, chứng từ, soạn thảo các hợp đồng và các thủ tục thanh toán, chuyển khoản qua ngân hàng theo yêu cầu của Giám đốc Phong.

Do Cty Thiên Triều hoạt động bán đất, cát, đá không có nguồn gốc hợp pháp và xuất hóa đơn GTGT cho một số Công ty trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh, nhưng không có nguồn hàng hóa đầu vào hợp lệ. Vì vậy, Phùng Xuân Phong đã chỉ đạo Võ Thị Thu Hà tìm đầu mối mua các hóa đơn đầu vào đối với các mặt hàng như: Đất, cát, đá để hợp thức nguồn hàng hoá đầu vào; đồng thời khi kê khai thuế GTGT đầu vào sẽ giảm số thuế phải nộp.

Dưới sự chỉ đạo của Phong, Võ Thị Thu Hà trực tiếp liên hệ mua 20 Hóa đơn GTGT của 3 Công ty tại tỉnh Quảng Bình gồm: Công ty TNHH Tân Đông TM, Công ty TNHH tổng hợp Phúc An Bình, Công ty TNHH tổng hợp Đỗ Gia, với tổng giá trị tiền hàng chưa thuế 7.658.663.873 đồng; tiền thuế GTGT là: 765.866.387 đồng, giá mua hóa đơn là 7,5% giá trị tiền hàng ghi trên hóa đơn.

Ngoài ra, Phùng Xuân Phong còn chỉ đạo kế toán nội bộ mua 15 số Hóa đơn GTGT của Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ Vạn Phát Nam Sơn với giá trị hàng hóa ghi trong hóa đơn là 5.447.425.000 đồng; tiền thuế GTGT là 544.742.500 đồng với chi phí 8% giá trị tiền hàng chưa thuế ghi trên hóa đơn. Tất cả số hóa đơn nói trên đã được kê khai, hợp thức hàng hóa mua vào của Công ty TNHH XD&TM Thiên Triều để trốn thuế số tiền 1.310.608.887 đồng.

Cũng liên quan đến hành vi mua bán hóa đơn GTGT trái phép xảy ra tại Cty Thiên Triều, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Hà Tĩnh cũng đã khởi tố thêm 6 bị can khác, gồm: Đỗ Khắc Điệp, Nguyễn Thị Khâm, Nguyễn Thị Khươm, Phan Tất Hải, Phan Thanh Tùng, Nguyễn Thị Lan và Lê Thị Chung cùng về hành vi: "Mua bán trái phép hóa đơn". Hiện vụ án đang tiếp tục được cơ quan điều tra đấu tranh mở rộng, làm rõ những cá nhân, tập thể có liên quan đến vụ việc nói trên.

X.S