Trong phong trào Cần Vương của cả nước, Nghĩa hội Quảng Nam được thành lập sớm và ngay từ đầu đã chiếm giữ được thành tỉnh trong hơn 1 tháng. Nhưng đến cuối năm 1885 nghĩa quân rơi vào thế bị vây hãm, vị Hội chủ tiên khởi Trần Văn Dư trên đường ra kinh đô Huế thương thuyết bị viên quan đầu tỉnh Châu Đình Kế sát hại.

Nguyễn Duy Hiệu lên thay làm Hội chủ. Không chỉ chấn chỉnh lại Nghĩa hội Quảng Nam, ông còn cử người đi liên lạc thống nhất Nghĩa hội các tỉnh còn lại của Nam Trung Kỳ từ Quảng Ngãi vào đến Phú Yên. Để có danh nghĩa, ông cử người ra Quảng Bình, tìm đến nơi trú đóng của vua Hàm Nghi xin chỉ dụ và bắt liên lạc với Phan Đình Phùng ở Hà Tĩnh. Được vua Hàm Nghi sắc phong chức Binh bộ Tả tham tri, sung Tham tán quân vụ đại thần kiêm lý Nam Ngãi tổng đốc, Nguyễn Duy Hiệu trở thành thủ lĩnh của nghĩa hội 3 tỉnh Quảng Nam – Quảng Ngãi – Bình Định.

Hệ thống chính quyền những nơi quân Nghĩa hội kiểm soát được ông tổ chức rất quy củ. Các viên cai tổng, lý trưởng có tinh thần cần vương được giữ nguyên chức vụ. Những kẻ tiếp tay cho Pháp và Nam triều Đồng Khánh đều bị nghiêm trị. Nguyễn Duy Hiệu cho xây dựng Tân tỉnh tại Trung Lộc (Quế Sơn) với đủ 6 bộ, nha, thự, trại; lại cho nghĩa quân áp sát thành tỉnh (Nam triều) ở La Qua, vào Văn Thánh rước 150 bài vị tiên thánh, tiên hiền cùng đồ thờ cúng lên Tân tỉnh lập Văn thánh mới để quy tụ các nho sĩ đi theo. Trong ý thức của nhân dân đương thời, sự có mặt của Tân tỉnh rất quan trọng, vì nó tượng trưng cho chính quyền chính thống và tố cáo tính chất hư ngụy của chính quyền Đồng Khánh.

Dưới quyền Hội chủ Nguyễn Duy Hiệu, nghĩa quân thực hiện những vụ tập kích, chặn đánh tiêu hao sinh lực địch, khiến cho quân Pháp và quân Nam triều Đồng Khánh đối phó rất khó khăn. Khi bị tấn công vào các khu căn cứ, nghĩa quân một mặt tổ chức đánh trả, di chuyển từ căn cứ này đến căn cứ khác, một mặt luồn về tấn công vùng hậu phương của địch, buộc chúng phải đem quân về đối phó. Ở phía nam, nghĩa quân đánh thiệt hại 150 quân Pháp tại dốc Suối Đá (nay thuộc xã Tam Dân, H.Phú Ninh); chặn đánh bắt, giết hơn 150 quân  của Nguyễn Thân từ Quảng Ngãi kéo ra tại làng Trung Đàn (nay thuộc xã Tam Lãnh).

Ở phía Bắc, nghĩa quân đánh thắng đội quân khâm sai gồm 300 lính tập do Phan Liêm cầm cờ tiết mao của Đồng Khánh từ Huế kéo vào tại Bãi Chài, đánh lui quân Pháp đi cứu viện tại Gò Muồng (nay thuộc xã Đại Hòa, H.Đại Lộc); đột kích bắt giết viên đại úy chỉ huy Besson và 6 tên lính Pháp trong đoàn khảo sát, làm gián đoạn kế hoạch làm con đường Huế - Đà Nẵng của quân Pháp tại làng Chân Sảng, ngay dưới chân đèo Hải Vân. Tỉnh thành Quảng Nam, rồi cả thành Điện Hải ở Đà Nẵng có đến 150 quân Pháp trú đóng cũng đôi lần bị nghĩa quân tấn công.

Tuy có nhiều trận chiến đấu ngoan cường, nhưng từ giữa năm 1886 trở đi, do bị rơi vào thế hai đầu thọ địch khiến cho sức chiến đấu của nghĩa quân yếu dần so với đà tấn công ban đầu. Sau khi Tân tỉnh tại Trung Lộc bị quân Pháp tấn công, các thủ lĩnh Nghĩa hội phải chuyển đại bản doanh sang An Lâm (nay thuộc xã Tiên Hà), nhưng tại đây Nghĩa hội bị quân sơn phòng Nghĩa – Định của Nguyễn Thân được quân Pháp cấp súng đang đêm đột kích đánh úp. Nguyễn Duy Hiệu cùng một vài đồng chí trong bộ tham mưu phá được vòng vây chuyển sang đứng chân tại căn cứ mới ở Gò May thuộc H.Phước Sơn, nhưng lại bị quân Nguyễn Thân tập kích tiếp (8-1887).

Đến đây, Nguyễn Duy Hiệu buộc phải giải giáp lực lượng để mong gầy dựng lại về sau. Sau khi Phan Bá Phiến đốt hết giấy tờ rồi uống thuốc độc tự vẫn để bảo toàn bí mật của Nghĩa hội, Nguyễn Duy Hiệu tự về đồng bằng chấp nhận để cho giặc đến bắt, nhận hết trách nhiệm về mình với tâm niệm “Đảng ta mà còn sau này có thành được cái chí hướng của ta, tức là ta vẫn sống”. Trên đường ông bị giải ra Huế, nhân dân đứng chật hai bên để tiễn đưa và vĩnh biệt, đến mức Nguyễn Thân, tên đại Việt gian đã đánh phá Nghĩa hội Quảng Nam, viết trong tờ tấu gửi Viện Cơ mật Huế và Khâm sứ Trung Kỳ ngày 3-11-1887 rằng: “Gần 30 năm qua, chưa hề thấy sự tín ngưỡng ngược đời...

Những lính khiêng chiếc cũi nhốt Hiệu, nhiều khi không nhúc nhích được vì dân chúng vây quanh chật ních bốn phía chiếc cũi. Chúng tò mò xem người đầu lĩnh phiến loạn và ngửa tay xin Hiệu bất cứ một thứ gì mà Hiệu có. Hiệu đã xé hết áo quần đem theo và đập nát chiếc tráp chữ nhật ném cho mọi người đứng quanh; bọn dân chúng vồ nhau và giành giựt đem về, nói là để làm thuốc chữa bệnh cho trẻ con. Lúc Hiệu chẳng còn gì ngoài chiếc khăn và quần áo ngắn, dân chúng lại chìa trầu cau vào trong cũi. Hiệu phải nhai trầu ném bã cho dân nhặt. Đến khỏi đỉnh đèo Hải Vân, Hiệu đập nốt quả đựng trầu ngồi trong cũi ném ra...

Dân chúng quả là mê tín Hiệu lạ lùng”. Viết về Nguyễn Duy Hiệu, cựu khâm sứ Trung Kỳ là Baille ghi lại trong cuốn sách Souvenirs d’Annam, xuất bản ở Paris năm 1890: “Hiệu đã gây nên một cuộc phiến loạn trong tỉnh Quảng Nam có tác động rộng rãi và có nhiều uy thế của một phong trào quốc gia. Hiệu đã khơi dậy tinh thần yêu nước trong đầu óc biết bao kẻ lâu nay chưa hề có ý thức. Hiệu đã nung nấu lên ở họ, kích thích thúc đẩy họ chiến đấu bằng một tình cảm nếu không phải là mới mẻ, thì ít ra cũng đã có ở đây tinh thần bài ngoại, tinh thần căm thù đối với người Pháp”. Trong Việt Nam vong quốc sử, Phan Bội Châu viết: “Than ôi! Hai người ấy (Nguyễn Duy Hiệu và Phan Bá Phiến), nhà tan không nghĩ đến, thân chết không nghĩ đến, chăm chăm chỉ nghĩ đến bảo toàn đảng để mưu về sau. Trong mắt họ, trong bụng họ chỉ có Tổ quốc, có đồng bào mà thôi, can tràng như thế thật là trời đất phải khâm phục, quỷ thần phải kính nể”.

130 năm trôi qua nhưng tấm lòng son của Nguyễn Duy Hiệu và các đồng chí của ông đối với Tổ quốc, đồng bào vẫn không bao giờ phai nhạt.

PGS, TS NGÔ VĂN MINH